Le site de Saint-Jean-de-Boiseau est peuplé depuis la préhistoire (mésolithique).
De nombreuses découvertes (haches polies, grattoirs, poteries…) attestent de la présence des hommes à toutes les époques de l’histoire depuis la période post glaciaire.
Saint-Jean-de-Boiseau a ainsi été occupé à l’époque gallo-romaine, mais il n’en subsiste que des traces. Le site druidique de Bétélian (là où se dresse actuellement la chapelle de Bethléem) est connu depuis cette époque là.
A la fin du septième siècle, Saint Hermeland va fonder sur une des nombreuses îles de Loire (l’île d’Indret) un monastère qui deviendra rapidement une abbaye importante. Il subsiste aujourd’hui une chapelle près de l’arsenal militaire.
A partir de 843, les Normands qui pillaient déjà les côtes bretonnes, vont remonter la Loire jusqu’à Nantes. Le pays de Retz, qui passe en 851 sous l’autorité du royaume de Bretagne, connaîtra ces envahisseurs jusqu’à l’aube du premier millénaire.
Avec la reconquète de la Bretagne par Alain Barbetorte, Saint-Jean-de-Bouguenais (nom que la commune va porter jusqu’en 1790) connaîtra son premier seigneur féodal, un breton nommé Borrigan, qui construisit le premier château sur le site du Pé.
Cette époque est certes misérable pour les paysans, mais la Bretagne va bénéficier de l’abolition du servage deux siècles avant le royaume de France. C’est pendant le Moyen Age que la vigne va prendre son essor, amorçant le recul des forêts. En 1424, il n’y a que 22 feux imposables dans la paroisse, ce qui représente probablement une population de moins de 400 personnes.
Les guerres de religions épargnent le pays de Retz jusqu’à l’arrivée du duc de Mercoeur à Nantes. Son opposition à Henry IV mobilisa les chantiers navals du Pellerin et de Saint-Jean-de-Bouguenais et fit subir aux populations le joug des troupes espagnoles venues le soutenir, avant que ne soit signé en 1598 l’Édit de Nantes qui accordait aux protestants la liberté de conscience.
Saint-Jean-de-Bouguenais va connaître, à partir du XVIIème siècle une croissance économique liée à l’essor du commerce maritime. L’augmentation du tonnage des navires ne permettant plus une remontée jusqu’à Nantes, c’est le Pellerin et Couëron qui deviennent les avant-ports de Nantes. L’acheminement des marchandises se fait alors sur des embarcations plus petites à fond plat (gabares, chalands et toues) qui sont construites dans les chantiers navals installés dans la vingtaine de ports disséminés tout au long de la Loire à Saint-Jean-de-Bouguenais.
Le travail du roseau prend aussi une importance considérable. Grâce à leurs nombreux bateaux, les Boiséens sont devenus les spécialistes de la Basse-Loire pour le travail de ce végétal. Il sera fait appel à eux pour l’aménagement du fleuve lors de la création des atterrissements destinés à relier les îles entre elles pour canaliser la Loire dans son estuaire. Le roseau sert aussi à réaliser les courtines.
Les courtines sont des nattes de roseaux entrelacés pour former des tapis, des tentures de dimensions très variables. Les armateurs nantais étaient très demandeurs de sparteries (ouvrages de fibres végétales) pour tapisser les coques des navires en bois, peu étanches, et protéger ainsi de l’humidité les denrées. La vente des courtines est un précieux complément de revenu pour les familles (l’équivalent de cent quatre-vingts journées d’ouvrier qualifié par an). Cette manne à la portée de tous explique pourquoi Saint-Jean-de-Boiseau est une des rares communes du pays de Retz à ne pas connaître la mendicité aux 18ème et 19ème siècles.
A l’aube de la période révolutionnaire, Saint-Jean-de-Bouguenais est une des paroisses les plus prospères du pays de Retz. Sa population est d’environ deux mille habitants. Depuis la création de la fonderie royale de canons sur l’île d’Indret, une partie des ouvriers agricoles s’est reconvertie dans le travail de la métallurgie. Les autres habitants sont herbagers, laboureurs, pêcheurs, marins, artisans ou commerçants. Le clergé comprend un recteur et son vicaire. La classe sociale aisée se compose des nobles, dont le seigneur de la paroisse : de Martel du Pé.
La révolution et les guerres de Vendée ne vont pas épargner le territoire de Saint-Jean-de-Boiseau qui prend officiellement son nom lors de la transformation des paroisses en communes en 1790. Le nouveau prieur de la paroisse, André Daughin, qui épousera l’idéal révolutionnaire, permettra cependant à la commune de traverser cette période avec relativement moins de dommages que les communes alentour.
L’implantation de l’établissement d’Indret en 1777 (fonderie de canons pour la Marine Nationale) a provoqué des remous dans les populations locales. Les ouvriers, et notamment les ouvriers qualifiés venus de la région parisienne, ont des aspirations très différentes de celles des agriculteurs qui habitent sur la commune. Ces divergences vont évoluer en tensions importantes, au sein du conseil municipal en particulier, et aboutir à une scission du territoire en deux communes distinctes. Déjà, en 1868, le curé avait obtenu la séparation de la commune en deux paroisses. Le 2 juin 1877, le président Mac Mahon signe le décret de création de la commune de La Montagne. Les deux communes vont mettre plus de cinq ans à régler les différents quant au partage des biens et autres litiges dus à la séparation. On peut affirmer aujourd’hui qu’il ne reste plus rien des différents qui ont séparé les deux communes. Au contraire, les évolutions démographiques et institutionnelles font que maintenant les populations des deux communes sont de mêmes origines socio-professionnelles et la mise en place de la Communauté urbaine de Nantes gomme peu à peu les frontières communales.
C’est avec la deuxième guerre mondiale que Saint-Jean-de-Boiseau va connaître une modification importante de ses paysages. Le 9 août 1944, l’occupant allemand fait couler à Bikini, en face de La Télindière, des bateaux qui interdiront pour longtemps l’accès au port de Nantes. Après la guerre, ces bateaux ne pourront être totalement enlevés. La Loire, qui jusque là baignait le flan du coteau, va être détournée dans le chenal nord.